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PQQ还可以通过调理线粒体功能来改良冠心病和心肌缺血。线粒体是细胞内的能量中心，而冠心病和心肌缺血可能致使线粒体功能异常。PQQ被认为可以增进线粒体的生成和增强线粒体的功能，从而提高心肌细胞的能量供应，减轻心肌缺血所引发的损伤。
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